Terdapat banyak ancaman terhadap pokok cili.[1]

Layu bakteria

Antara penyakit cili padi yang paling kritikal adalah Penyakit Layu Bakteria yang disebabkan oleh Phytium spp atau Fusarium spp yang mengakibatkan pokok yang diserang akan layu dan boleh mati jika tidak dikawal segera. Penyakit ini mudah menyerang tanaman cili padi terutama jika kawasan tersebut pernah ditanam dengan cili padi atau famili solanaceae lain dan tanah agak lembab. Kawalan untuk penyakit ini adalah dengan kaedah Amalan Pertanian Baik seperti mencabut pokok yang telah diserang dan membakarnya, semburan racun kulat , memilih anak benih rintang penyakit, kebersihan ladang dan jalankan giliran tanaman. Serangan boleh berlaku dari peringkat awal pertumbuhan sehingga pokok matang untuk berbuah. Jika berlaku pada peringkat awal penanaman perlu dijalankan sulaman anak benih. Jalankan pemantauan di kawasan tanaman cili dari kemungkinan jangkitan dari pokok yang telah diserang.

Kerinting daun

Penyakit Kerinting Daun yang disebabkan oleh Virus Tristeza merupakan satu lagi masaalah dalam penanaman cili padi dan sentiasa menjadi 'Kegusaran' kepada penanam cili padi. Pemerhatian petani mendapati apabila telah mula berlaku serangan kerinting daun pada satu dahan atau pokok ianya akan cepat merebak kepada pokok lain dengan cepat jika tidak dikawal dengan segera. Tanda serangan apabila dilihat daun muda yang aktif mula kerinting atau berkerekot atau bergulong dan kadang-kadang kekuningan sedikit bermula pada satu dahan dan akan membiak kekawasan lain. Akibatnya pokok tidak dapat menjalankan fotosintesis dengan cekap dan pengeluaran bunga akan terganggu atau tidak berbunga langsung. Lazimnya tunas-tunas baru tudak akan keluar dan jika ada buah pun saiznya sangat kecil (macam cili mini). Belum ada kajian terperinci bagaimana punca serangan tetapi serangga seperti koya, semut, aphids dan sebagaimya mungkin menjadi agen merebaknya penyakit ini selain daripada petani sendiri yang kurang menjalankan sanitasi. Kawalan dengan racun kimia hampir tiada langsung dan adalah disyorkan agar dahan pada pokok diserang dipotong dan dibakar atau jika serangan yang sangat teruk maka pokok dalam kebun tersebut dicabut dan dibakar. Kalau banyak pokok dalam kebun telah banyak diserang lebih balik musnahkan semua dan tanam baru.

Bintik daun

Penyakit Bintik Daun (Cercospora spp) pula mengakibatkan daun yang diserang berbintik dan mengurangkan aktiviti fotosintesis. dan boleh dikawal dengan semburan racun Benomyl. Penyakit Antraknos Buah Cili Padi yang disebabkan oleh kulat Collectotricum spp. akan merosakkan kualiti buah cili dan dikawal dengan semburan racun seperti Mancozeb. Perlu diingat setelah semburan racun dibuat jangan terus dipetik buah cili padi dan tunggu TDMH (Tempoh Dilarang Mengutip Hasil) seperti yang dituliskan pada label racun. Petani perlu menghasilkan cili padi yang berkualiti, Bersih, Berkhasiat dan yang penting tidak ada sisa baki raacun didalamnya. Kalau dikampong dulu memeng tidak pernah sembur racun pada pokok cili.